Seperti sistem organ lainnya, sistem reproduksi pada manusia baik laki-laki maupun wanita bisa mengalami gangguan maupun penyakit baik yang disebabkan oleh kelainan hormonal maupun infeksi kuman seperti bacteri dan jamur.Beberapa penyakit / gangguan sistem reproduksi manusia yang umum diketahui antara lain :- Epididimistis, yakni adanya infeksi pada saluran epididimis ( ductus epididimis ) pada alat reproduksi dalam pria
- Herpes, penyakit karena infeksi virus herpes yang mengakibatkan rasa gatal-gatal dan sakit di sekitar alat kelamin
- Hipogonadisme, yaitu penurunan fungsi testis karena gangguan hormonal. Bisa mengakibatkan infertilitas, impotensi serta tidak munculnya tanda-tanda "kepriaan / kejantanan" seperti tidak munculnya kumis, suara seperti wanita dll.
- Kencing nanah ( Gonorrhea ), yakni penyakit kelamin yang disebabkan oleh adanya infeksi bacteri Neisseria gonorrhoea yang dapat menyebabkan kemandulan pada wanita. Penyakit ini tergolong PMS ( Penyakit Menular Seksual ), karena penularan terjadi melalui hubungan seksual secara bebas.
- Kriptorkidisme, yaitu terjadinya kegagalan testis turun dari rongga abdomen ke dalam skortum pada waktu bayi
- Orkitis, yaitu peradangan pada testis karena infeksi virus
- Prostatitis, yaitu terjadinya peradangan pada kelenjar prostat yang bisa disebabkan oleh adanya infeksi mikroba patogen
- Raja Singa ( Sifilis ), yaitu penyakit pada alat kelamin karena infeksi bacteri Treponema pallidum yang bisa menyebabkan rasa perih pada alat kelamin. Penyakit ini tergolong PMS seperti kencing nanah.
- Uretritis, yaitu peradangan pada uretra ( saluran sperma ) karena infeksi mikroba patogen dari jenis Chlamidia sp ataupun Ureplasma sp.
- Impotensi, yaitu gangguan sistem reproduksi pada pria yang ditandai dengan tidak adanya kemampuan alat kelamin ( penis ) untuk menegang.
- Ejakulasi dini ( ED ), yaitu gangguan seksual pada pria dimana proses ejakulasi tidak bisa dikendalikan.
Inilah beberapa penyakit dan gangguan pada sistem reproduksi pada manusia yang diketahui hingga saat ini. Beberapa di antaranya sudah ditemukan solusi pengobatannya.